Alte Bäume und totes Holz bieten zahlreichen Lebewesen des Waldes einen Lebensraum. Dazu gehören viele Insekten, wie z. B. der seltene Eremit (eine Käferart), dessen Larven eine lange Entwicklungszeit von bis zu vier Jahren benötigen. Dabei leben die Larven im dicken Mulm (=zersetztes Holz) in Baumhöhlen. Baumeister dieser Höhlen waren meistens Spechte wie z. B. der Mittelspecht oder der größere Schwarzspecht. Auch weitere Bewohner nutzen die Höhlen gerne als Wohn- und Kinderstube. Dazu gehören auch Hohltaube, Waldkauz, Gänsesäger, Schellente, Baummarder und waldbewohnende Fledermausarten, wie z. B. der Große Abendsegler. Die Männchen der Großen Abendsegler nutzen ihre Höhlen, um den Weibchen aufzuwarten. Im Spätsommer dieseln sie ihr Quartier mit einem moschusartigen Drüsensekret ein und versuchen, unterstützt durch ihre zwitschernden „Liebesgesänge“ Weibchen anzulocken. Auch viele unauffälligere Lebewesen, wie Flechten und Pilze sind auf alte Bäume und Totholz angewiesen. So wichtig der Lebensraum Totholz für die Artenvielfalt ist, fehlt er doch oft in Wirtschaftswäldern. Um dem entgegenzuwirken, werden von den Landesforsten in SH und auch von einigen privaten Waldbesitzern ausgewählte standortgerechte Bäume als besondere Biotop- oder Habitatbäume dauerhaft erhalten. Sie dürfen ungenutzt bis zum natürlichen Zerfall bestehen bleiben.

Wälder, die weitestgehend nicht forstwirtschaftlich genutzt werden, sind rar und besonders wertvoll. In diesen sogenannten Naturwäldern sollen sich die Lebensgemeinschaften dauerhaft ohne menschliche Eingriffe entwickeln können.
Auch im Naturpark Holsteinische Schweiz gibt es Naturwaldflächen. Zu diesen gehören z. B.:

Der Naturwaldbereich im Dodauer Forst
Ein herausragendes Beispiel eines arten- und strukturreichen Laubwaldbestandes im Naturpark ist ein Teil des Dodauer Forstes bei Eutin. Seit 2003 sind hier 34 ha aus der forstwirtschaftlichen Nutzung genommen worden. Hier wurde unter anderem in einem Bereich auch die Entwässerung durch Gräben und Drainagen gestoppt, so dass sich eine Senke wieder zu einem Waldweiher entwickeln konnte. Heute ein wichtiges Laichgewässer für mehrere Amphibienarten. In zahlreichen weiteren feuchten Senken kommen Sumpf- und Quellwaldgesellschaften mit Schwarzerlen, Eschen und Flatterulmen vor. In deren Krautschicht findet man Wechselblättriges Milzkraut, Scharbockskraut, Hohe Schlüsselblume und Sumpf-Pippau. Die trockeneren Standorte werden von verschiedenen Rotbuchengesellschaften eingenommen. Hier weisen einige Pflanzenarten wie Zwiebel-Zahnwurz, Wald-Sanikel und Vielblütige Weißwurz darauf hin, dass der Boden in vielen Bereichen basenreich ist und es sich um einen alten historischen Waldstandort handelt. Dies bedeutet, dass das Gebiet seit mindestens 220 Jahren ununterbrochen von Wald bedeckt war, wie auch aus alten Karten abzuleiten ist.

Naturwald am Ukleisee
Ein weiterer bedeutender Naturwald liegt am Ukleisee östlich des Eutiner Stadtteils Sielbeck. Hier sind 166 ha Waldmeister-Buchenwald aus der Nutzung genommen worden. Da das Gebiet schon seit Beginn des 19. Jahrhunderts als Erholungsort dient, wurde vergleichsweise wenig Holz eingeschlagen, so dass heute relativ viele alte Bäume hier vorkommen, darunter zahlreiche Rotbuchen und Stieleichen mit mehr als 200 Jahren.